2x15 Un agente libre

Sydney informa a Vaughn de que ha terminado sus estudios de prosgrado y de que en ese día se gradúa e incluso está pensando en dejar la CIA. Sin embargo, Kendall le presiona para que no se vaya, informándole de que como civil no podría ver a su madre, aunque Irina le dice que si se queda en la CIA, no permitirá que su hija pueda verla más. En el día de su graduación, Sloane llama a Sydney y le dice que conocía su situación de doble agente, pero no reveló nada porque le resultaba beneficioso para su plan de escapar de la Alianza. Así mismo, le informa de que si intenta involucrarse en sus planes, él misno se encargará de hacerle la vida imposible. Pero Sydney no se deja amedrentar y Kendall le informa de que Sloane ha secuestrado a un matemático cuyas teorías podrían servirle para crear un arma a partir de los artefactos de Rambaldi. Caplan, que así se llama el matemático, no tiene otro remedio que ayudar a Sloane puesto que éste ha secuestrado a su mujer y a su hijo. Lo que Caplan no sabe es que la CIA ha liberado a su familia y se encuentran sanos y salvos. Mientras que Marshall se ajusta perfectamente a su vida como, ahora sí, agente de la CIA, Dixon aún está muy molesto y confuso por haber descubierto la verdad sobre el SD-6. El agente intenta apoyarse en su mujer, revelando cuál ha sido su vida hasta ahora y Diane le dice que si considera unirse a la CIA, como Sydney le ha propuesto, le dejará al no poder soportar la presión. Las investigaciones de Marshall llevan a Sydney y Vaughn a un banco en Zúrich, donde se encuentran con Sloane, que ha alterado su cara con maquillaje y prótesis para que el sistema de reconocimiento visual no le pueda identificar como Sloane, ahora en todas las listas de la Interpol. Aunque consiguen acorralarle, Sloane amenaza con volar el edificio entero si no le dejan salir sano y salvo. La CIA le deja libre, por lo que Sloane le da las llaves del coche a Sydney y le dice que ella será su chófer en la huida.