2x07 El contragente

Vaughn acude desesperado a la única persona que le puede ayudar: Irina. Ésta le dice que le ayudará a cambio de que le confiese sus verdaderos sentimientos respecto a Sydney. Sydney es la encargada de viajar a Estonia para buscar el antídoto, al enterarse de la enfermedad de Vaughn. Por otro lado, Sydney le habla a Will del Proyecto Navidad después de que éste le comente que las pruebas psicotécnicas de 1982 son imposibles de localizar, lo cual hace sospechar que el proyecto siga en pie de algún modo. Cuando Will se hace con un test de 1982 se da cuenta de que faltan ciertos tipos de preguntas, aunque más tarde descubre que las pruebas fechadas en 1982 son en realidad de 1983. Cuando localiza a un secretario del Ministerio de Educación para obtener una prueba de 1982, se da cuenta de que hasta las copias oficiales carecen de las preguntas clave que Will está buscando. Sydney se expone ante sus enemigos cuando hace saltar una alarma conscientemente para obtener el vial de antitoxina necesaria para Vaughn. Es apresada por Sark y éste decide perdonarle la vida si colabora con él para apresar a Sloane. Sydney acepta. Sloane se encuentra en una reunión de la Alianza en Tokyo, tal y como le informa su padre, de modo que Sydney se dirige hacia allá para asesinar a su jefe en el SD-6. Cuando Syd completa su misión Sark facilita el antídoto a Jack. Pero Sloane no está muerto! sino que se encuentra sano y salvo en el SD-6 cuando Sydney regresa y no sólo eso sino que Sark ha sido reclutado por Sloane para colaborar con ellos. Todo ha sido una trampa de Sark para colarse en el SD-6. Sydney, destrozada, acude a la CIA y habla con Vaughn, que acaba de confesar sus verdaderos sentimientos a Irina. Cuando Syd se marcha, Vaughn está a punto de comentarle algo, pero se lo piensa mejor y deja que la agente se marche.