2x01 Entra el enemigo

Sydney Bristow contempla perpleja al misterioso hombre cuya identidad no es otra que Irina Derevko, la madre de Sydney que fue dada por muerta hace más de veinte años bajo el alias de Laura Bristow. Aún no recuperada de la sorpresa, Syd es disparada en el hombro por su madre. A pesar de ello, consigue escapar y contactar con su padre, el cual consigue extraerla de Taiwán. Junto a padre e hija se encuentra Will, que aún no puede comprender el tipo de vida que llevan las personas a las que cree conocer. Pero Will no tiene tiempo de reflexionar sobre esos temas debido a que se encuentra en peligro mortal; su investigación sobre el SD-6 ha salido a la luz y ahora Sloane no parará hasta asesinarle. Sin embargo, Jack argumenta ante Sloane que matar al periodista disparará las especulaciones y dará más credibilidad a su historia. Sloane concede y deja que Jack se encargue del problema. De este modo, Jack inyecta drogas a Will y le sitúa en un fumadero, asegurando su detención en una redada policial premeditada. Como consecuencia, Will es condenado a realizar trabajos sociales y comparece ante las cámaras para asegurar que la historia del SD-6 fue producto de su imaginación y las drogas. Sloane envía a Sydney a Francia, donde ha de pinchar un teléfono de un cercano colaborador de Khasinau. El micrófono ha sido modificado por Weiss para que la CIA decida lo que deja escuchar o no al SD-6. En Francia, descubre un laboratorio lleno de cuerpos con los que Khasinau está experimentando y entre ellos encuentra a un moribundo Vaughn, al cual consigue salvar y ambos escapan con vida del lugar. El pinchazo del teléfono cumple su fin y la CIA organiza una misión a Barcelona donde va a tener lugar un intercambio de unos documentos conocidos como "La Biblia" cuyo conocimiento por parte de la CIA podría ayudar mucho a poner fin al grupo liderado por Irina. Se produce un cruce de disparos y Weiss es herido gravemente en el cuello. Sydney queda a merced de Khasinau. Cuando este está a punto de matarla, Irina dispara a Khasinau salvando a Sydney, coge la Biblia y huye diciendo a su hija "La verdad lleva tiempo". Días después, Irina entra por su propio pie en el edificio central de la CIA y se entrega voluntariamente...