2x13 Fase uno

La CIA se entera de la desaparición de Sloane e informa de que la Alianza ha enviado un nuevo director provisional al SD-6 llamado Anthony Geiger. La nueva misión de Sydney y Jack es acercarse a Geiger, ahora que Jack ya no es "amigo" del director. Incluso Sark está preocupado por el nuevo director e informa Sydney de que ha estado curioseando en el servidor 47, un servidor secreto de la Alianza. Sydney se da cuenta enseguida de que este servidor puede ser el tendón de Aquiles de la Alianza así que informa a la CIA de la existencia del mismo. Vaughn localiza el servidor en un Boeing 747 que está constantemente volando y que sólo aterriza para repostar y proveer de víveres y "diversiones" al encargado del servidor. La misión de Sydney será infiltrarse como una de las diversiones y una vez allí acceder al servidor y descargar su información. La misión es un éxito y Sydney obtiene los ficheros, destruyendo el avión y escapando mediante un paracaídas. Cuestiones personales. Vaughn le dice a Sydney que no puede seguir viviendo de este modo, que no puede dormir cuando ella está en una misión y que le resulta imposible continuar con la idea de que las personas que los juntaron (el SD-6, la Alianza y Sloane) son las mismas que los matarían si se enteraran de que trabajan codo con codo. Por otro lado, Will le dice a Francie que no va a seguir trabajando de camarero dado que tiene un trabajo de periodista. Francie se alegra mucho por él y acaban besándose. Geiger descubre que Sloane sospechaba que Jack y Sydney eran agentes dobles y aprovecha el hecho de que Jack está en el SD-6 para confirmar los datos del servidor 47 para detenerle. Jack es capaz de avisar a Sydney, la cual se pone muy nerviosa al saber que su padre podría morir a manos de Geiger en las próximas horas. La CIA descarta un ataque al SD-6 hasta que los datos no se confirmen pero Sydney no puede entrar al SD-6 sin ser apresada así que decide confiar en el único agente del SD-6 en el que puede hacerlo: Dixon. Cuando le revela toda la verdad, Dixon se queda perplejo y absolutamente boquiabierto. Sydney le dice que hay que actuar rápidamente y que si es capaz de verificar los datos, él mismo será capaz de ver que todo lo que le cuenta es cierto. Sydney, viendo lo que se avecina, avisa a Will para que se vaya de la ciudad con Francie y ponerse a salvo hasta que todo pase. Dixon contacta con la CIA mediante correo electrónico: ha confirmado la información del servidor 47, la CIA tiene a la Alianza en la palma de su mano. Inmediatamente, Kendall organiza un comando de ataque al SD-6 y desde el centro de operaciones conjuntas coordinan el ataque al resto de los SD repartidos por el mundo gracias a los ficheros de Sloane. Vaughn, Weiss y Sydney estarán en el comando que ataque al SD-6. Su misión será neutralizar dicha célula y rescatar a Jack. Ambas tienen éxito, el SD-6 cae y Sydney salva a su padre, matando a Geiger en el proceso. Segundos después del ataque, y libres ya de ataduras, Sydney y Vaughn se besan. En una habitación, Sark está hablando con el propio Sloane, informándole de todo lo sucedido y de que "la misión ha sido un éxito". Sloane parece complacido y le comunica de que se alegra de que la fase uno del plan esté completada, que ya pueden pasar a la fase dos. Ordena además a Sark que compruebe si su nuevo aliado está en posición. Sark marca el teléfono de su otro aliado. La persona que descuelga es Francie, o alguien que se parece a ella, puesto que su lado yace con un tiro en la frente el cadáver de la verdadera Francie.